Il existe 21 habitats d’intérêt communautaire (HIC) recensés inscrits à l’annexe I de la Directive européenne 92/43/CEE « Habitats Faune Flore ». Cinq d'entre eux sont prioritaires (*).
Le Plateau de Millevaches, du fait de son climat et son altitude accueille la plus grande surface et diversité de milieux tourbeux du site. Sept habitats [4010 ; 7110 ; 7120 ; 7140 ; 7150 ; 6410 ; 91D0] allant des radeaux flottants, aux tourbières actives à sphaignes, en passant par les prairies à molinie ou les milieux pionniers à Rhynchospore blanc se rencontrent souvent en mosaïque. C’est aussi sur ces zones de moyennes altitudes que les landes à bruyères [4030], pelouses à nard [6230] et fourrés à genévriers [5130] sont encore bien représentés. Les forêts feuillues [9120 ; 9130 ; 9180], principalement des chênaies-hêtraies à houx [9120] occupent la plus grande partie des versants de la vallée du Taurion.
Les mégaphorbiaies [6430], végétations humides à hautes herbes, se rencontrent à l’amont des retenues hydroélectriques sur le Thaurion, ou dans des prairies humides agricoles aujourd’hui abandonnées. Les prairies de fauche [6510] peu fréquentes, se rencontrent sur les versants peu amendés.
L’eau est omniprésente avec notamment plus de 200 km de cours d’eau. Les végétations associées sont parfois d’une grande rareté [3110 ; 3130 ; 3140 ; 3150 ; 3260]. La forêt alluviale à Aulne et Frêne [91E0*] se développent souvent en linéaire, le long des ruisseaux à débit assez rapide.
Codification officielle :
Habitat d’eau douce
[3110] : Eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses (Littorelletalia uniflorae)
[3130] : Eaux stagnantes, oligotrophes à mésotrophes avec végétation des Littorelletea uniflorae et/ou des Isoeto-Nanojuncetea
[3260] : Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion
[3140] : Eaux oligo-mésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
[3150] : Lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou de l'Hydrocharition
Habitats humides ouverts tourbeux ou non tourbeux :
[7110*] : Tourbières hautes actives*
[7120] : Tourbières hautes dégradées encore susceptibles de régénération naturelle
[7140] : Tourbières de transition et tremblantes
[7150] : Dépressions sur substrats tourbeux du Rhynchosporion
[6410] : Prairies à Molinie sur sols calcaires, tourbeux ou argilo-limoneux (Molinion-caerulea)
[4010] : Landes humides atlantiques septentrionales à Erica
[6430] : Mégaphorbiaies hydrophiles d’ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin
Habitats secs ouverts
[6510] : Prairies de fauche de basse altitude (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis)
[4030] : Lande sèche européenne
[5130] : Formation à Juniperus communis sur landes ou pelouses calcaires
[6230*] : Formations herbeuses à Nardus, riches en espèces sur substrats siliceux des zones de montagnardes et des zones sub-montagnardes de l’Europe continentale
Habitats forestiers secs et humides
[91D0*] : Tourbières boisées
[91E0*] : Forêts alluviales à Alnus glutinosa et Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae)
[9120] : Hêtraies acidophiles atlantiques à sous-bois à Ilex et parfois à Taxus(Quercion robori-petraeae ou Ilici-Fagenion)
[9130] : Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum
[9180*] : Forêts de pentes, éboulis ou ravins du Tilio-Acerion *